KJKK „Bega“ yra įdiegtos sertifikuotos Aplinkos apsaugos, Kokybės vadybos, Pašarų saugos bei kokybės, Maisto tiekimo grandinės dalyvio, Socialinės atsakomybės ir tvarios aplinkos sistemos, atitinkančios šiuos standartus:
- ISO 14001:2015
- ISO 9001:2015
- GMP+ (Good Manufacturing Practice)
- FoodChain ID
- ProTerra